Počas svojej chirurgickej praxe postupne absolvoval a získal 4 atestácie -
- atestácia I. stupňa z chirurgie
- atestácia II. stupňa z chirurgie
- nadstavbová špecializačná atestácia z pľúcnej chirurgie
- nadstavbová špecializačná atestácia z gastroenterologickej chirurgie
V roku 1989 bol ustanovený za primára chirurgického oddelenia.
Od 1.8.2002 - 2011 vykonaval funkciu prednostu Chirurgickej kliniky FN Nitra. Vo vedúcej funkcii primára a prednostu kliniky pôsobil 21 rokov.
Od 1.2.1997 krajský odborník Ministerstva zdravotníctva SR pre odbor chirurgia.
Od roku 1981 je držiteľom hodnosti kandidáta vied. Po habilitácii 5. 10. 2006 mu bol priznaný aj vedecko - pedagogický titul docent. Následne 24.1.2011 bol menovaný za profesora.
Ako prvoautor a spoluautor odprezentoval viac ako 150 domácich a zahraničných prednášok. Rovnako je autorom 82 publikácií, 5 monografii a skriptá, niekoľko kapitol v učebniciach. Citačný index 87. Je odborným garantom na Univerzite Konštantína Filozofa v Nitre, kde prednáša a vedie výčbu.
Absolvoval celý rad domácich a zahraničných štúdijných pobytov a kongresov na špecializovaných pracoviskách, medzi ktoré patrí:
Kodaň - Herlev hospital 1989,
Budapešť - Semelweisova klinika , 1991
Londýn - St. Helier hospital, George´s Hospital, 1993 , 2003, 2005
Madrid - Cirurgía General Del Aparto Digestivo, 2002, 2006
Praha - I.Chirurgická klinika 1992
Brno - II. Chirurgická. Klinika, 2003
Tokyo - Cancer Institute Ariake Hospital, 2007
Rovnako bol aktívnym účastníkom mnohých kongresov v Českej Republike - Praha, Brno, Pardubice, Hradec Králové, Plzeň, ale aj v zahraničí - Madrid, Barcelona, Budapest, Viedeň, Honolulu, Acapulco.
International Gastro-Surgical Club 1993
International Society of Surgery 1996
European Digestive Surgery 1998
United European Gastroenterology Federation 2007
Slovenská chirurgická spoločnosť 1972
Slovenská gastroenterologická spoločnosť 1974
Spolok ponitrianskych lekárov 1970
Člen výboru Slovenskej chirurgickej spoločnosti od roku 1990
Člen redakčnej rady Slovenská chirurgia od roku 2004
Predseda Spolku ponitrianskych lekárov 12 rokov - 4 funkčné obdobia
Za doterajšiu odbornú činnosť a angažovanosť v Slovenskej lekárskej spoločnosti, mu boli udelené:
„Cena spolku lekárov za najlepšiu prednášku“ v roku 1979, 1981, 1982, 2001, 2005
Bronzová medaila Slovenskej lekárskej spoločnosti v roku 1985
Strieborná medaila Slovenskej lekárskej spoločnosti v roku 1995
Zlatá medaila Slovenskej lekárskej spoločnosti v roku 2005
Čestný člen Slovenskej chirurgickej spoločnosti od roku 2006
Sodalem honoris causa 2014
Plaketa prof. Kostlivého a Čárského ocenenenie Slovenskej chirurgickej spoločnosti v roku 2015
Za dlhoročnú činnosť v oblasti zdravotníctva, propagáciu mesta doma i zahraničí mu bola udelená 6. októbra 2005 Cena mesta Nitry
Medaila Karla Maydla v roku 2006
Čestný člen Českej chirurgickej spoločnosti v roku 2006
Consilii societatis chirurgicae bohemice - Čestná rada Českej chirurgickej spoločnosti v roku 2014
V rámci všeobecnej chirurgie na klinike sa vykonávajú chirurgické výkony najmä v oblasti chirurgie pažeráku, pankreasu, pečene a kolorektálnej chirurgie.
Medzi prvými, na Slovensku už v roku 1989 zaviedli na klinike miniinvazívnu chirurgiu a postupne rozširovali paletu laparoskopických výkonov. S odbornou prezieravosťou aj na úkor vlastnej kliniky bol vytvorený priestor a podmienky pre vznik samostatných špecializovaných oddelení traumatológie, plastickej chirurgie, cievnej chirurgie a neurochirurgie, ktoré sa postupne odčlenili od všeobecnej chirurgie. Táto skutočnosť neskôr umožnila zaradenie a transformáciu nitrianskej nemocnice na Fakultnú Nemocnicu Nitra.
Pod jeho vedením vo funkcii primára / prednostu získalo viac ako 20 lekárov atestáciu z chirurgie I., II., stupňa a nadstavbových. Titul PhD. obhájili 4 doktoranti. Bolo vytvorených 7 špecializovaných odborných ordinariátov.
Emeritný profesor MUDr. Emil Bakoš, PhD. je v súčastnosti je odborným konzultantom Chirurgického zariadenia, ktoré je odbornou súčasťou siete poskytovateľov zdravotníckej starostlivosti v Nitrianskom regióne. Ponúka komplexné služby na úrovni ambulantnej všeobecnej chirurgie a traumatológie.
Vo svojej činnosti sa opiera o najnovšie poznatky pri poskytovaní starostlivosti o chirurgických pacientov v súlade s koncepciou všeobecnej chirurgie.
Odborná úroveň je zabezpečená lekármi s dlhoročnou praxou a skúsenosťami v diagnostike, operatíve a liečbe chirurgických ochorení.